Organizacja Zakonu Rycerzy Jana Pawła II opiera się o podstawową jednostkę ustrojową Kościoła jaką jest parafia w której Bracia Rycerze, którzy koncentrują w niej swe życie religijne tworzą Chorągiew. Wyższymi jednostkami organizacyjnymi Zakonu są: Komandoria organizująca życie Zakonu na terenie danej Diecezji oraz Prowincja Krajowa organizująca życie zakonu na terenie danego kraju. Na czele całego Zakonu stoi Generał Zakonu z Radą Generalną.

 

Chorągiew może utworzyć co najmniej sześciu Braci przy akceptacji proboszcza miejsca, który z urzędu będzie pełnił funkcję jej kapelana lub wyznaczy innego księdza do wypełnienia tej roli. Nazwa Chorągwi nosi nazwę patrona parafii. Każdą nową Chorągiew powołuje do życia Prowincjał lub Generał, od którego otrzymuje ona sztandar narodowy, którego pielęgnowanie i prezentowanie podczas uroczystości, jest jednym z głównych zadań Chorągwi. Członkowie Chorągwi, wybierają spośród siebie na roczną kadencję oficerów, będących władzą wykonawczą Chorągwi. Komandoria – tworzą ją wszystkie Chorągwie działające na terenie danej Diecezji, a na jej czele stoi wybierany na trzy lata Komandor, który jest odpowiedzialny za kontakty z Biskupem diecezjalnym i koordynowanie działań rycerstwa w danej diecezji. Prowincja Krajowa - tworzą ją wszystkie Komandorie. Na czele Prowincji stoi Prowincjał, którego na czteroletnią kadencję wybierają Komandorzy.